Жизнь после ухода французов в восстановленной республике оказалась безрадостной, ибо фактически хозяином города сделался молодой монах-доминиканец Джироламо Савонарола, настоятель монастыря Сан Марко. Он появился во Флоренции еще в начале 1480-х годов и тогда уже стал центром всеобщего внимания.
  Юный фанатик был убежден в том, что господь направил его в мир для искоренения пороков высшего духовенства и светских властителей. Флорентийцы охотно внимали его темпераментным обличительным речам, в которых было много правды, ибо как раз в те годы римско-католическую церковь возглавлял дьявольски порочный Александр VI из рода Борджа. Увлекшиеся флорентийцы поначалу не уразумели, что зажигательные речи неистового монаха направлены не только против пороков конкретных высоких лиц, но и против радостей земной жизни вообще. Придя к власти, Савонарола обрушил свой гнев на все мирское. Исчезли ощущения прелести жизни, а мысль и энергия оказались обречены на апатию, в то время как в городе вследствие экономических неурядиц начались безработица и голод.
  Безумный монах понятия не имел о том, как совладать с этими бедами он умел только страстно бичевать пороки и самозабвенно молиться. Душа и мысли Савонаролы были обращены к богу и миру потустороннему, в то время как благополучие флорентийских дельцов зависело от того, насколько их помыслы связаны с миром реальным, и их союз с юным фанатиком был невозможен.
  С санкции Александра VI Синьория возбудила дело против Савонаролы. 13 мая 1497 года папа отлучил его от церкви, а 23 мая 1498 года он и два его приверженца были казнены на площади Синьории (сначала их повесили, а затем сожгли). Так рассудительная Флоренция избавилась от угара религиозного фанатизма, к которому никогда не проявляла склонности.